Det er en økning på 14 bekreftede tilfeller siden onsdag.
Cruiseskipet Costa Atlantica ankom Nagasaki i januar for reparasjonsarbeid. En besetning på rundt 600 er om bord.
Skipet varslet lokale myndigheter om smittemistanke i helgen, og fire tester gjort mandag påviste det første smittetilfellet på skipet.
Nye tester blant 57 av besetningen påviste 34 nye tilfeller onsdag, før 66 nye tester bekreftet 14 coronasyke torsdag.
Minst én person er sendt til sykehus og trenger behandling med respirator, opplyser myndighetene.
De smittede isoleres i egne lugarer. Men japanske myndigheter opplyste onsdag at noen fra besetningen antas å ha vært på land i byen de siste ukene.